UEPG cria software para análise de DNA

O Programa de Pós-Graduação em Computação Aplicada da Universidade Estadual de Ponta Grossa (PPGCA-UEPG), por meio da Agência de Inovação e Propriedade Intelectual (AGIPI), obteve o registro de seus dois primeiros softwares de bioinformática no Instituto Nacional da Propriedade Industrial (INPI). O 'Paqta' e o 'Paylla' (palavras indígenas que significam 'Igual' e 'Único', respectivamente) foram desenvolvidos por Douglas Tomachewski, egresso do PPGCA, e Rafael Mazer Etto, professor do programa, em parceria com o Laboratório de Biologia Molecular Microbiana (Labmom) e outros pesquisadores da instituição.

Ambos os softwares são aliados de pesquisas em biologia molecular, desenvolvidas nas áreas de Ciências Biológicas, Agrárias e da Saúde, ao possibilitar a análise de milhares de sequências de DNA, RNA ou proteínas em poucos segundos. A principal função do “Paqta” é normalizar simultaneamente inúmeras bibliotecas contendo milhões de sequências de nucleotídeos ou aminoácidos. Já o “Paylla” tem a função de unir e simplificar grandes bancos de dados metagenômicos, selecionando as sequências únicas e eliminando as repetidas.

O “Paqta” e o “Paylla” são bastante acessíveis. Ambos têm interface amigável, funcionam em diferentes sistemas operacionais (Windows, Linux e MacOS) e em computadores comuns. Testes com os softwares em notebooks de uso doméstico indicaram a capacidade de processamento de mais de 1 milhão de sequências de DNA em menos de 5 segundos, sendo que programas similares já existentes nem ao menos funcionam nesses computadores.

Segundo Rafael Etto, os avanços na tecnologia de sequenciamento de DNA têm aumentado significativamente a geração de dados genômicos. “Em 2000, os sequenciadores geravam 96 sequências de DNA por corrida. Atualmente, uma única corrida é capaz de gerar até 4 bilhões de sequências de DNA”. Para ele, um dos desafios da bioinformática é possibilitar a análise desses dados de forma acessível a pesquisadores que não têm conhecimento em programação computacional nem dispõem de computadores potentes, papel cumprido pelos softwares.